중간-상하향 분석법으로 탐색한 표적 당단백질 유래 위암 바이오마커

출원번호 : 10-2019-0112926 (출원일: 2019-09-11)

등록번호 : 10-2222002 (등록일: 2021-02-24)

특허권자 : 충남대학교산학협력단

요약 : 표적 당단백질의 부위 특이적 당쇄화 정보는 질병 진단에 고민감도 바이오마커를 제공할 수 있다. 일반적으로 부위 특이적 당쇄화 분석은 두 가지 다른 방법, 즉 트립신 소화를 이용한 프로테옴 접근과 탠덤 MS를 이용한 프로테옴 접근 또는 프로네이즈 소화를 이용한 글리코믹스 접근 방식으로 수행되었다. 그러나 기존의 두 가지 접근방식의 데이터 처리와 해석은 어렵고 지루하며 시간이 많이 소요되었다. 따라서 다량의 임상 시료 세트에 대해 높은 고민감도와 고특이성을 나타내는 용이하고 직접적인 방법이 요구되어 왔다. 본 발명에서는 표적 혈청 합토글로빈(Hp)을 위한 중간-상하향 글라이코프로테옴 방법을 발명하여 비교적 간단한 시료 준비와 데이터 처리 및 해석방법으로 임상 시료를 분석하여 위암 바이오마커를 발견하였다. 트립신이 생성하는 Hp의 글라이코폼은 펩타이드 순서에 따라 3개의 당펩타이드 군으로 분류할 수 있으며, 각각 3개 군에서 10, 15, 14개의 잠재적 바이오마커(p < 0.0001)가 발견되었다. 바이오마커를 보완하고 개선하기 위해 다변량 로지스틱 회귀 분석 모델을 3개 군의 잠재적 당펩타이드 바이오마커에 적용하였다. 결합된 바이오마커의 ROC 곡선은 AUC 값이 0.974, 0.931 및 0.980으로 건강한 대조군과 위암 환자 사이에 강한 차이를 나타냈다.

대표청구항 : a) 피검체 혈청에서 합토글로빈을 분리, 정제하는 단계;b) 정제된 합토글로빈을 변성 및 알킬화하는 단계;c) 변성 및 알킬화된 합토글로빈에 트립신을 처리하여 당펩타이드를 제조하는 단계;d) 별도의 당펩타이드 분리 및 정제 단계 없이 당펩타이드를 UHPLC 질량분석기에 주입하여 질량분석하는 단계; 및e) 당펩타이드 질량분석 결과를 정상인 대조군 혈청 내 합토글로빈에 대해 상기 a) 내지 d) 단계를 거쳐 얻은 당펩타이드 질량분석 결과와 비교하되, 아래 1) 내지 33)에 기재된 하나 이상의 위암 바이오마커에 대한 질량분석 결과를 비교하는 단계;를 포함하는, 위암 진단을 위한 기초 정보를 제공하기 위한 글라이코프로테옴 분석방법.1) MVSHHN184LTTGATLINEQWLLTTAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N184 당쇄화 자리에 (Hex)4(HexNAc)3(NeuAc)1이 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 4226.930인 당펩타이드,2) MVSHHN184LTTGATLINEQWLLTTAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N184 당쇄화 자리에 (Hex)4(HexNAc)4(NeuAc)1이 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 4430.009인 당펩타이드,3) MVSHHN184LTTGATLINEQWLLTTAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N184 당쇄화 자리에 (Hex)5(HexNAc)4(Fuc)1(NeuAc)1이 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 4738.120인 당펩타이드,4) MVSHHN184LTTGATLINEQWLLTTAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N184 당쇄화 자리에 (Hex)6(HexNAc)4(NeuAc)1이 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 4754.115인 당펩타이드,5) MVSHHN184LTTGATLINEQWLLTTAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N184 당쇄화 자리에 (Hex)5(HexNAc)4(NeuAc)2가 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 4883.157인 당펩타이드,6) MVSHHN184LTTGATLINEQWLLTTAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N184 당쇄화 자리에 (Hex)5(HexNAc)4(Fuc)1(NeuAc)2가 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 5029.215인 당펩타이드,7) MVSHHN184LTTGATLINEQWLLTTAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N184 당쇄화 자리에 (Hex)6(HexNAc)5(Fuc)1(NeuAc)2가 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 5394.348인 당펩타이드,8) MVSHHN184LTTGATLINEQWLLTTAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N184 당쇄화 자리에 (Hex)6(HexNAc)5(Fuc)1(NeuAc)3이 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 5685.443인 당펩타이드, 및9) MVSHHN184LTTGATLINEQWLLTTAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N184 당쇄화 자리에 당쇄가 결합된 형태의 모든 당펩타이드의 총합,10) NLFLN207HSEN211ATAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N207 및 N211 당쇄화 자리 중 하나 이상에 (Hex)4, (HexNAc)3, (NeuAc)1이 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값이 3006.271인 당펩타이드,11) NLFLN207HSEN211ATAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N207 및 N211 당쇄화 자리 중 하나 이상에 (Hex)5, (HexNAc)4, (NeuAc)1이 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값이 3371.403인 당펩타이드,12) NLFLN207HSEN211ATAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N207 및 N211 당쇄화 자리 중 하나 이상에 (Hex)9, (HexNAc)7, (NeuAc)3이 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값이 5211.044인 당펩타이드,13) NLFLN207HSEN211ATAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N207 및 N211 당쇄화 자리 중 하나 이상에 (Hex)10, (HexNAc)8, (Fuc)1, (NeuAc)3이 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 5722.234인 당펩타이드,14) NLFLN207HSEN211ATAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N207 및 N211 당쇄화 자리 중 하나 이상에 (Hex)10, (HexNAc)8, (NeuAc)4가 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 5867.271인 당펩타이드,15) NLFLN207HSEN211ATAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N207 및 N211 당쇄화 자리 중 하나 이상에 (Hex)10, (HexNAc)8, (Fuc)1, (NeuAc)4가 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 6013.329인 당펩타이드,16) NLFLN207HSEN211ATAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N207 및 N211 당쇄화 자리 중 하나 이상에 (Hex)11, (HexNAc)9, (Fuc)1, (NeuAc)4가 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 6378.461인 당펩타이드,17) NLFLN207HSEN211ATAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N207 및 N211 당쇄화 자리 중 하나 이상에 (Hex)11, (HexNAc)9, (Fuc)1, (NeuAc)5가 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 6669.557인 당펩타이드,18) NLFLN207HSEN211ATAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N207 및 N211 당쇄화 자리 중 하나 이상에 (Hex)12, (HexNAc)10, (Fuc)1, (NeuAc)4가 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 6743.593인 당펩타이드,19) NLFLN207HSEN211ATAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N207 및 N211 당쇄화 자리 중 하나 이상에 (Hex)12, (HexNAc)10, (Fuc)1, (NeuAc)5가 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 7034.689인 당펩타이드,20) NLFLN207HSEN211ATAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N207 및 N211 당쇄화 자리 중 하나 이상에 (Hex)12, (HexNAc)10, (Fuc)1, (NeuAc)6이 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 7325.784인 당펩타이드,21) NLFLN207HSEN211ATAK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N207 및 N211 당쇄화 자리에 당쇄가 결합된 형태의 모든 당펩타이드의 총합,22) VVLHPN241YSQVDIGLIK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N241 당쇄화 자리에 (Hex)4(HexNAc)3이 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 3051.453인 당펩타이드,23) VVLHPN241YSQVDIGLIK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N241 당쇄화 자리에 (Hex)4(HexNAc)3(NeuAc)1이 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 3342.549인 당펩타이드,24) VVLHPN241YSQVDIGLIK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N241 당쇄화 자리에 (Hex)4(HexNAc)4(NeuAc)1이 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 3545.628인 당펩타이드,25) VVLHPN241YSQVDIGLIK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N241 당쇄화 자리에 (Hex)5(HexNAc)4(NeuAc)1이 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 3707.681인 당펩타이드,26) VVLHPN241YSQVDIGLIK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N241 당쇄화 자리에 (Hex)6(HexNAc)4(NeuAc)1이 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 3869.734인 당펩타이드,27) VVLHPN241YSQVDIGLIK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N241 당쇄화 자리에 (Hex)5(HexNAc)4(NeuAc)2가 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 3998.776인 당펩타이드,28) VVLHPN241YSQVDIGLIK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N241 당쇄화 자리에 (Hex)5(HexNAc)4(Fuc)1(NeuAc)2가 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 4144.834인 당펩타이드,29) VVLHPN241YSQVDIGLIK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N241 당쇄화 자리에 (Hex)6(HexNAc)4(NeuAc)2가 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 4160.829인 당펩타이드,30) VVLHPN241YSQVDIGLIK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N241 당쇄화 자리에 (Hex)6(HexNAc)5(NeuAc)2가 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 4363.909인 당펩타이드,31) VVLHPN241YSQVDIGLIK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N241 당쇄화 자리에 (Hex)6(HexNAc)5(NeuAc)3이 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 4655.004인 당펩타이드,32) VVLHPN241YSQVDIGLIK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N241 당쇄화 자리에 (Hex)6(HexNAc)5(Fuc)1(NeuAc)3이 결합한, 이론적 단일동위원소 질량값 4801.062인 당펩타이드,33) VVLHPN241YSQVDIGLIK의 아미노산 서열로 이루어진 펩타이드의 N241 당쇄화 자리에 당쇄가 결합된 형태의 모든 당펩타이드의 총합; 중 하나 이상이 선택된 위암 바이오마커.

상세링크 : http://newsd.wips.co.kr/wipslink/api/dkrdshtm.wips?skey=3521102000657